Secondo l'art.10 della Legge Regionale n.29 del 28 dicembre 2004, così come modificata con deliberazione n.12/2006 dell'Assemblea legislativa regionale, sono organi dell'Istituto Ortopedico Rizzoli (in quanto Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico avente sede nella regione Emilia-Romagna):

• il Direttore generale, nominato dalla Regione ed al quale spetta la responsabilità complessiva della gestione e della attuazione delle deliberazioni del Consiglio di indirizzo e verifica;
• il Consiglio di indirizzo e verifica, al quale spettano le funzioni di indirizzo e di controllo, con particolare riferimento alle scelte strategiche dell'ente e alla gestione e valorizzazione del patrimonio;
• il Collegio sindacale, al quale spettano le funzioni di vigilanza sulla regolarità amministrativa e contabile. Esso è composto da tre membri, di cui uno nominato dalla Regione (con funzione di presidente), uno dalla Conferenza Territoriale Sociale e Sanitaria di Bologna ed uno dallo Stato.
• il Collegio di direzione, con compiti di proposta per l'organizzazione e lo sviluppo dei servizi e delle attività di ricerca ed innovazione e la valorizzazione delle risorse umane e professionali degli operatori (art. 3 commi 3 e 4 della L.R. 29/2004);
• il Direttore scientifico, cui compete la gestione delle attività di ricerca in coerenza con il programma di ricerca sanitario di cui all'art. 12-bis del D.Lgs. n.502/1992 e successive modifiche e con gli atti di programmazione regionale in materia.