Pochi ospedali possono vantare una storia come quella del Rizzoli. Storia che, inoltre, si intreccia strettamente con quella dello sviluppo della disciplina ortopedica in Italia.
Istituito grazie ad una donazione del chirurgo e filantropo Francesco Rizzoli (1809-1880), l'Istituto Ortopedico Rizzoli è stato inaugurato nel 1896 con l'obiettivo di realizzare un moderno ospedale per la cura delle deformità rachitiche e di quelle congenite in senso lato. In tal modo esso si inseriva nel processo di nascita, nella seconda metà dell'800, di istituti specializzati nella cura delle deformazioni, come il Pio Istituto dei Rachitici a Milano (ora Azienda Ospedaliera Gaetano Pini) del 1881 o l'Istituto per rachitici di Torino del 1887, poi divenuto Istituto Chirurgico Ortopedico 'Regina Maria Adelaide'.
Alessandro Codivilla (1861-1912), considerato il fondatore della moderna ortopedia in Italia, fu direttore del Rizzoli dal 1899, succedendo a Pietro Panzeri. Già in questa fase l'istituto iniziò ad accogliere ammalati provenienti dalle regioni più lontane e persino dall'America Latina, tanto che alla sua morte, nel 1912, il Rizzoli si era già pienamente affermato sulla scena nazionale.
Ad esso fece seguito Vittorio Putti (1880-1940) presto considerato uno dei migliori ortopedici, a livello internazionale, della prima metà del secolo. A Putti sono riconosciuti meriti organizzativi e di sviluppo dell'Istituto Rizzoli (la fondazione delle Officine Rizzoli nel 1914 e dell'Istituto Elioterapico 'Codivilla' a Cortina d'Ampezzo nel 1923), oltre che numerosi contributi all'avanzamento della pratica e della ricerca ortopedica (innovazioni nel campo del trattamento dell'anchilosi, della lussazione congenita dell'anca, delle deformità post-traumatiche, allungamento degli arti, ecc.).
Putti fu anche il fondatore, nel 1917, della rivista Chirurgia degli organi del movimento e, due decenni dopo, fu il promotore dell'integrazione tra ortopedia e traumatologia. Con il congresso del 1936, tenutosi a Bologna, la Société Internationale de Chirurgie Orthopedique (SICO) divenne infatti Société Internationale de Chirurgie Orthopedique et Traumatologie (SICOT) e Putti ne fu il primo vicepresidente. Alla sua morte, nel 1940, il New England Journal of Medicine, nel commemorarlo, affermò che egli aveva realizzato il centro ortopedico allora più noto nel mondo.
Nel 1948 l'istituto fu riconosciuto come ospedale specializzato per ortopedia e traumatologia di prima categoria. In generale, negli anni '60 e '70, il Rizzoli ha seguito i progressi scientifici ed assistenziali compiuti nel campo ortopedico, caratterizzati in primo luogo dall'introduzione dell'artroprotesi cementata dell'anca (Charlney, 1960) e dalla stabilizzazione e diffusione dei principi dell'osteosintesi rigida (Müller, Allgöver e Willenegger, 1963). Oggi, in effetti, gli interventi di protesi d'anca e di ginocchio costituiscono la tipologia d'intervento e la causa di ricovero prevalente all'Istituto Ortopedico Rizzoli, interessando circa il 20% dei ricoveri effettuati.
Negli ultimi decenni, inoltre, il Rizzoli ha realizzato importanti progressi sia nella ricerca scientifica che nell'attività diagnostica e terapeutica in merito ai tumori dell'apparato muscolo-scheletrico, divenendo in questo ambito un centro di rilievo internazionale.
Nel 1981 l'Istituto Rizzoli è stato riconosciuto con decreto interministeriale Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS) e si è arricchito del Centro di ricerca Codivilla-Putti, dove hanno sede i laboratori di ricerca, la presidenza e l'amministrazione.
Per la storia dell'Istituto Ortopedico Rizzoli si rimanda ai saggi storici contenuti in Cioni A., Bertoli Bersotti A.M., L'Istituto Rizzoli in San Michele in bosco. Il patrimonio artistico del monastero e vicende storiche di cento anni di chirurgia ortopedica, Istituti Ortopedici Rizzoli, Bologna, 1996.