Nel corso del tempo l'Istituto Ortopedico Rizzoli ha affiancato altre sedi alla storica sede in cui è stato inaugurato nel 1896, presso l'antico monastero di San Michele in Bosco. Oggi oltre alla principale sede ospedaliera (via G.C.Pupilli 1, 40136 Bologna) il Rizzoli è presente con reparti di ortopedia o poli ortopedici-riabilitativi presso l'Ospedale di Bentivoglio (provincia di Bologna), di Argenta (provincia di Ferrara), di Castel San Giovanni (provincia di Piacenza). Dal 2012, inoltre, il Dipartimento Rizzoli-Sicilia è attivo a Bagheria (provincia di Palermo).