L'Ospedale Rizzoli ha trovato la sua originaria sede nel complesso monastico di San Michele in Bosco, ubicato sui primi colli a sud di Bologna.
Si tratta di un complesso di straordinario valore architettonico ed artistico che ospita opere d'arte di oltre quattro secoli: il chiostro ottagonale affrescato da Ludovico Carracci e collaboratori e da Guido Reni, l'ex refettorio dei monaci ornato da Giorgio Vasari, la superba biblioteca affrescata nel 1677-1680 da Domenico Maria Canuti, solo per citarne alcune tra le principali.
Il monastero di San Michele in Bosco è un organismo architettonico notevole, la cui formazione definitiva è avvenuta per aggregazioni spaziali ed architettoniche caratterizzate da operatori, stili e momenti storici diversi, anche se è nel cinquecento che il complesso viene sostanzialmente definito con la realizzazione delle opere fondamentali: la chiesa, il campanile, i chiostri.
La costruzione dell'attuale complesso monumentale venne realizzato su precedenti strutture insediative monastiche, risalenti al IV secolo dopo Cristo. Dopo diverse traversie il complesso monastico entra in una nuova fase con l'insediamento dei monaci benedettini olivetani, avvenuta nel 1364 su concessione di Papa Urbano V. Furono infatti gli olivetani che nel secolo successivo iniziarono la costruzione di un nuovo monastero, una parte del quale è giunta sino a noi.
La prima pietra fu posta da Papa Eugenio IV nel 1437. Dieci anni dopo, nel 1447, la chiesa doveva essere già compiuta, poiché ospitò la consacrazione di Giovanni Poggi a vescovo di Bologna. Il complesso venne quindi ristrutturato, tra il 1517 ed il 1523, riedificando la chiesa ed il convento in forme più ampie e maggiormente rispondenti ai gusti del tempo.
La ristrutturazione della chiesa fu poi l'occasione per commissionare numerose opere di pittura. Infatti tra il 1517 e il 1525 troviamo attivi in San Michele: Innocenzo da Imola, il Bagnacavallo, Biagio Pupini e Girolamo da Cotignola, vale a dire un gruppo di pittori che incarnava a Bologna in quel periodo il nuovo verbo 'raffaellesco' ormai ovunque dilagante.
Nel 1539 approda al colle anche Giorgio Vasari dipingendo tre tavole per il refettorio raffiguranti Cristo in casa di Marta e Maria, la Cena di San Gregorio Magno, Abramo nella valle di Mambre. Le prime due sono attualmente esposte presso la Pinacoteca Nazionale di Bologna (vedi), la terza è andata dispersa nel periodo napoleonico.
Diversi lavori si susseguirono quindi nel XVI secolo. Nel 1567 fu portato a compimento un braccio laterale del dormitorio; nel 1588 Pietro Fiorini costruì l'arioso scalone; tra il 1587 e il 1590, su disegno dello stesso Fiorini, venne eretto il chiostro di mezzo, detto del Pino, subito dipinto da Cesare Buglione; nel 1592 fu la volta della foresteria, dove Ludovico Carracci dipinse il monumentale camino. Seguirono altre importanti opere quali il noviziato, l'appartamento abbaziale, l'infermeria ed altri locali utili alla vita comunitaria dei monaci.
Una peculiarità dell'organismo di San Michele è data dal chiostro ottagonale (costruito fra i 1602 e il 1603 su disegno di Pietro Fiorini), che non trova riscontro in nessun altro complesso monastico bolognese. L'opera di ristrutturazione, abbellimento, rifacimento del complesso di San Michele in Bosco è continuata quindi con diversi notevoli interventi per tutto il XVII e XVIII secolo.
Per una sintetica presentazione della storia del monastero di San Michele in Bosco e dell'Istituto Ortopedico Rizzoli si rimanda al libro Il Monastero di San Michele in Bosco e l'Istituto Ortopedico Rizzoli, edizioni Pendragon, Bologna, 2006.